C’est ce qui ressort d’une étude internationale réalisée, dans le cadre d’une collaboration franco-sud-africaine, dans les zones floristiques du Cap et de Camargue. Ces résultats ont été publiés en janvier 2018 dans la revue d’écologie microbienne, ISME Journal.

L’agriculture influe considérablement sur la distribution et la prévalence des virus des plantes dans l’environnement. Dans les zones cultivées, les infections virales sont en effet significativement plus fréquentes qu'en zone naturelle. C’est ce que démontre une étude menée par une équipe scientifique internationale en Camargue (France) et dans la région du Cap (Afrique du Sud), dont les résultats sont parus en janvier dans la revue ISME Journal. « Le regroupement et la concentration d'organismes génétiquement proches, que sont les variétés cultivées, favorisent les épidémies » , explique Philippe Roumagnac, chercheur en virologie végétale au Cirad. Ces travaux indiquent par ailleurs que le « compartiment naturel », encore largement inexploré en termes de biodiversité des microorganismes, recèle une grande quantité de virus. « Les zones bordant les parcelles agricoles pourraient nous permettre de mieux comprendre l’émergence des maladies des plantes » , poursuit le chercheur.

Explorer la diversité des virus chez les plantes et comprendre leurs émergences

Alors que 50 % des maladies émergentes chez les plantes sont d’origine virale, la connaissance de la diversité des phytovirus est encore largement méconnue. Officiellement, environ 1400 espèces de virus de plante ont été à ce jour caractérisées et taxonomiquement classées. Ce chiffre est probablement très en deçà de la diversité réelle des virus des plantes, comme en témoignent les explorations récentes des écosystèmes terrestres et marins. Ce décompte est en outre probablement biaisé à deux niveaux. D’une part, la description des virus a quasi exclusivement été réalisée à partir d’un nombre très restreint d’espèces végétales cultivées et d’autre part, les virus n’ont été majoritairement caractérisés que suite à l’apparition de symptômes chez leurs hôtes. « Notre connaissance du monde des virus des plantes reste donc extrêmement partielle en termes de diversité, mais aussi en termes de répartition à l’échelle de l’agroécosystème , souligne Denis Filloux, chercheur en virologie végétale au Cirad. Ce manque de connaissances représente un écueil dans la compréhension du fonctionnement global des agroécosystèmes, et dans la définition et la quantification des facteurs de risque d’émergence de nouvelles maladies virales des plantes ou la définition de stratégies de lutte contre ces maladies ». La majorité des virus restant à identifier se situe dans des zones faiblement anthropisées.

Communiqué du Cirad
Lire l'article de l'ISME Journal (an)