Les algues bleu-vert peuvent nuire à la santé des usagers des plans d'eau. Certains types de ces algues contiennent des toxines qui ont un potentiel irritant, de même qu'un potentiel toxique. Les risques pour la santé sont plus élevés si on entre en contact avec l'eau ou si on l'absorbe lorsqu'il y a une éclosion de fleurs d'eau de cyanobactéries, car c'est à ce moment-là qu'elles libèreraient leurs toxines, même l'inhalation de leur odeur pourrait provoquer des malaises. Elles seraient nocives pour la santé plus particulièrement lorsqu'elles deviennent bleu-turquoise et qu'elles se trouvent en forte concentration.

Les méthodes classiques utilisées par la majorité des chercheurs afin de diminuer leur prolifération consistent à déterminer les causes directes ou indirectes de l'apparition de ces algues dans un plan d'eau et de proposer un plan d'intervention, afin de ralentir ou stopper ces causes.

Plusieurs autres chercheurs s'intéressent plus à tester des nouvelles méthodes qui sont plus simples et ont des actions rapides et efficaces. Prenons par exemple, le professeur Alyre Chiasson, professeur au département de biologie de l'Université de Moncton, il est en train d'évaluer un traitement avec un produit qui vient de l'Australie appelé phoslock (=argile modifié) pour l'immobilisation des phosphates dans l'eau et sédiments des plans d'eau. Ce produit fusionne avec le phosphore qui est le nutriment responsable de la prolifération des algues bleues, avec ce processus il y aura une diminution du nutriment donc une réduction de la croissance des algues. Les tests et l'évaluation de l'efficacité de ce produit ont été faits dans six enclos en plastique qui ressemblent à des petite piscines,  trois en présence du produit et trois comme témoin. Les résultats de ces recherches permettront dans le futur proche de déterminer la quantité nécessaire qu'il faut appliquer pour les traitements et l'influence de ce produit sur l'écosystème.