Le développement durable représente une préoccupation majeure pour le ministère de la défense. En juillet 2003, il a signé avec le ministère de l'écologie et du développement durable, un partenariat en faveur de la protection de l'environnement.

Ce partenariat formalisé par un protocole d'accord traduit la volonté des deux ministères de définir et de conduire de manière concertée des actions visant à mieux préserver l'environnement. Ces actions sont organisées autour de six orientations stratégiques :

* Participation de la Défense à la réussite du plan NATURA 2000,
* Mise en œuvre d'un programme ambitieux de gestion durable des territoires,
* Développement d'un programme de prévention des pollutions et des risques,
* Formation du personnel civil et militaire,
* Intégration du concept de développement durable,
* Accompagnement de la répression des atteintes à l'environnement.