Cette zone humide elliptique est située au Nord-Est de la Tunisie et communique avec la mer méditerranée au Nord-Est par un goulet naturel (7 km) et un canal artificiel (15 km) et le lac Ichkeul au Sud-Ouest par oued Tinja. L’alimentation hydrique de ce milieu se fait grâce aux plusieurs cours d’eau, soit directement par les précipitations soit par les apports du ruissellement des oueds (Gueniche, Tinja, Haima, Mrazig, Belhassine, Garek) ce qui fait de la lagune un écosystème très riche et diversifié. Cette biodiversité est maintenue grâce à l’équilibre entre l’apport en eaux douces et marines. Ce plan d’eau confiné est caractérisé par un hydrodynamisme variable dans le temps.

Ce mouvement contrôlé par plusieurs facteurs environnementaux, ramène en suspension les particules piégées dans les différentes natures du sédiment. Ce phénomène est affecté après la constitution des barrages en amont du lac Ichkeul en faisant modifier le bilan hydrique. Cependant, l’installation des zones industrielles comme « ElFouledh » complexe sidérurgique, SOCOMENA construction de navale, cimenterie de Bizerte et la STIR (raffinerie de Bizerte) modifie énormément la structuration du fonds, la qualité des eaux par les différents types de rejets.

Le débit de renouvellement d’eau et de sédiment diminue, d’où le piégeage des polluants issus de différentes activités (agricoles, industrielles, urbaines) dans le sédiment qui abrite une large variété d’espèces benthiques. Ces polluants (pesticides, métaux…), réduisent la diversité et donc perturbent l’équilibre dynamique de cet écosystème.

Plusieurs études sur le milieu aqueux dans cette région montrent une très forte pollution essentiellement par les métaux lourds. Des jeunes chercheurs de l’université de Carthage (Dellali Mohammed, Daly-Yahia Mohamed Néjib…) d’après leurs publications montrent que cet écosystème est fortement déséquilibré suite aux multiples activités.