La troisième Rencontre des Parties siégeant en tant que Conférence des Parties au Protocole de Cartagena sur la biosécurité (CP/RP-3) s’est conclue le 17 mars 2006. Le cœur des pourparlers touchait à l’étiquetage des chargements de marchandise pouvant contenir des organismes génétiquement modifiés (OGM). Cette question aurait dû être réglée à la rencontre précédente des pays parties au Protocole de Cartagena, mais il avait alors été impossible d’établir un consensus. De manière générale, les pays qui sont principalement des exportateurs d’OGM préfèrent une formulation moins précise (telle "peut contenir des OGM"), ce qui diminue leur chance d’être pris en faute. À l’opposée, les pays qui importent surtout des OGM préconisent une formulation plus claire (telle "contient des OGM") qui leur assure une plus grande protection et des recours, le cas échéant. L’entente réalisée à la CP/RP-3 est un compromis. Lorsqu’un chargement contient des OGM, l’étiquetage doit en faire état et identifier ces OGM, leur usage prévu, ainsi que la manière dont ils ont été modifiés. S’il est impossible d’identifier les OGM, l’étiquetage doit mentionner que le chargement "peut contenir" des OGM. La présence accidentelle d’OGM n’est pas susceptible d’entraîner des sanctions sous le Protocole.

Des observateurs soulignent toutefois la difficulté pour certains pays en développement, particulièrement d’Afrique, d’appliquer les dispositions du Protocole de Cartagena. Les infrastructures, tout comme le personnel qualifié susceptible de les utiliser, font défaut dans plusieurs pays. Le renforcement des capacités est régulièrement affirmé dans les décisions des CP/RP, mais, à ce jour, les répercussions concrètes ne sont pas à la hauteur des besoins.