L'IEDD installé à Fontainebleau associe, l'Office national des Forêts, l'École normale Lettres-Sciences humaines (Lyon), l'École des Mines de Paris et la cellule française du programme Man and Biosphere de l'Unesco. Cet institut bénéficie en outre d'un accord de coopération avec l'Unesco. Une partie du laboratoire Biogéographie-Écologie de l'École Normale, anciennement à Saint-Cloud, occupe ces locaux avec l'administration de l'IEDD. L'Institut assure la tutelle administrative de projets, en particulier de l'observatoire Mares et Mouillères de France , une structure d'animation scientifique et d'information entrant dans le cadre du Plan national des recherches sur les zones humides.