La rouille orangée est causée par un champignon, Hemileia vastatrix . Il attaque les feuilles du caféier et peut causer de fortes défoliations. Son histoire est bien connue : il dévasta dès 1869 toute la caféiculture de Ceylan (aujourd'hui le Sri Lanka). Depuis son introduction en Amérique Centrale en 1976, le champignon a été responsable d'épidémies sévères au Costa Rica en 1989, au Nicaragua en 1995 et en Colombie, de 2008 à 2011.

 En 2012, l'épidémie a pris une ampleur régionale attaquant de façon sévère tous les pays de l'Amérique Centrale, mais aussi d'Amérique du Sud dont le Pérou.

L'année 2012 a été une année " del Niño ", perturbation climatique liée à un réchauffement de l'océan Pacifique. En Amérique Centrale, cette perturbation se caractérise principalement par une moindre pluviométrie.
Pour expliquer la grande intensité de l'épidémie 2012, ce sont des hypothèses liées au climat , à la gestion des parcelles , et même à l'évolution du pathogène qui sont avancées :

• La faible pluviométrie n'a pas permis le lessivage des spores et a été suffisante pour assurer leur germination.
  La chaleur de l'année 2012 a raccourci la période de latence de la maladie et fortement augmenté l'intensité de l'épidémie. Elle a aussi favorisé les attaques dans les zones d'altitude, réputées peu favorables à la maladie en raison des températures habituellement fraîches. Dans ces zones, les producteurs n'appliquent généralement pas de traitement préventif pour contrôler la rouille. La mise en place des traitements en 2012 y a donc été tardive, souvent quand les dégâts étaient irréversibles...
  Le vent a joué un rôle important en dispersant la rouille sur de grandes distances. L'apport permanent de cet inoculum étranger dans les plantations a compliqué la gestion de l'épidémie, notamment là où des fongicides curatifs peu rémanents ont été employés.

• Diverses particularités dans la gestion des parcelles de café ont également contribué à l'apparition de l'épidémie. Les dommages les plus importants ont été trouvés dans des plantations cultivées en plein soleil où la charge fruitière était plus élevée.
  Des études, montées conjointement par le Cirad et le Catie, ont en effet montré que l'ombrage permettait de diminuer les attaques de rouille, par son action régulatrice de la charge fruitière. Il intercepte aussi la rosée, source d'eau libre qui facilite la germination des spores et aide à protéger les sols de l'acidification, condition qui a été montrée comme favorisant les attaques.Certains producteurs n'ont pas pu fertiliser en fin d'année en raison des conditions sèches qui ont prédominé et l'impact de la rouille sur ces parcelles mal fertilisées a été plus fort. Un trop grand retard dans les applications de fongicides a aussi été préjudiciable. Le contexte général de baisse des cours n'a pas, non plus, encouragé les producteurs à prendre des mesures préventives pour lutter contre la rouille, une maladie que personne n'attendait à un tel niveau de gravité.

• L'hypothèse d'une évolution du pathogène ne peut être écartée. Les conditions climatiques et de gestion des parcelles décrites antérieurement pourraient ne pas être suffisantes pour expliquer ces niveaux d'attaque. Des souches sont peut-être devenues plus agressives ou se sont adaptées à des conditions climatiques plus extrêmes.