La Commission européenne poursuit la France devant la Cour de justice de l'Union européenne pour non-conformité avec la législation de l’Union relative au traitement des eaux urbaines résiduaires. Quelque 17 agglomérations n'assurant pas un traitement des eaux urbaines résiduaires conforme aux normes européennes ont été répertoriées. Les eaux urbaines résiduaires non traitées peuvent présenter un danger pour la santé des citoyens européens et pour l'environnement. La Commission européenne doit garantir le même niveau de traitement des eaux urbaines résiduaires dans toute l’Union européenne. La France avait déjà reçu en 2009 un premier avertissement au sujet de ce manquement, qui porte sur des zones dont l'équivalent habitant est compris entre 2000 et 15000.

La législation de l'Union européenne relative au traitement des eaux urbaines résiduaires date de 1991, mais prévoyait de longs délais pour la mise en œuvre. Les États membres avaient jusqu'à la fin de l'année 2000 pour garantir le traitement approprié des eaux résiduaires provenant des grandes agglomérations, et jusqu'à la fin de l'année 2005 pour celui des rejets provenant d'agglomérations de taille moyenne et des rejets en eau douce et dans les estuaires provenant des petites agglomérations.

La liste des agglomérations qui auraient dû se mettre en conformité pour 2005 comprend Goyave, Bastelica, Borgo Nord, Morne àl'eau, Vincey, Aiguille Château Ville Vieille, Etueffont, Isola, Plombières-les-Bains, Saint-Cere, Saint-Vallier-de-Thiey, Villeneuve, Volx, Braine, Coggia, Corte, Petit-Bourg.

Si d'ici à l'ouverture de la procédure, la Commission reçoit de nouvelles informations démontrant que certaines de ces agglomérations respectent désormais les dispositions, elles seront retirées de la liste.