Lors de la conférence de presse présentant le rapport du parlementaire Jean Besson, en mission dans le cadre du Débat national sur les énergies, Mme Fontaine a annoncé qu'elle "proposera au Premier ministre de faire le choix de l'EPR" (réacteurs européens à eau sous pression).
Selon Nicole Fontaine, l'EPR, réacteur nucléaire de troisième génération, est "moderne et beaucoup plus sûr, "produit moins de déchets" et "va permettre de diminuer le prix de l'électricité".

Cette déclaration a soulevé de nombreuses réactions :
Les Verts considèrent que l"'interpellation de Mme Fontaine au Premier Ministre proposant de lancer la construction d'un réacteur nucléaire de type EPR est en totale contradiction avec ce que devrait être une nouvelle politique énergétique en France".
Selon Greenpeace, "non seulement Madame Fontaine affiche un profond mépris pour le processus de débat national sur l'énergie qu'elle avait elle même initié, mais elle se fait également ici la porte-parole zélée et docile d'une industrie nucléaire aux abois".
Corinne LEPAGE et CAP21, sans être opposés a priori à un renouvellement partiel du parc nucléaire, contestent le moment et le choix et de cette décision et lancent une pétition contre l'EPR.
Agir pour l'Environnement estime que "tout en préconisant le débat et la concertation, Nicole Fontaine montre que cette concertation est purement formelle puisque la décision de relance est d'ores et déjà prise. Alors que cette décision implique une orientation énergétique française pour plusieurs décennies, une fois encore, les parlementaires et les citoyens français sont mis devant le fait accompli".