En se rendant à plusieurs reprises sur le terrain, la mission a pu constater l'engagement de nombreux agriculteurs comme gestionnaires de territoires comportant des zones humides, qu'ils font vivre parfois depuis des siècles. Interlocuteurs reconnus par d'autres porteurs d'enjeux au niveau local, ces agriculteurs, qui participent le plus souvent à une gestion équilibrée des territoires, disent parfois subir certaines prescriptions réglementaires, qui peuvent représenter des contraintes allant jusqu'à compromettre le maintien de leur activité. La mission souligne par conséquent les risques de voir certains espaces à vocation agricole privés de gestionnaires, en raison d'une lecture un peu trop restrictive de la réglementation " police de l'eau ".

Elle recommande plus de dialogue et d'écoute, pour prendre en compte la complexité des territoires, dans le cadre des SAGE qui offrent un cadre pour l'exercice de la police de l'eau. L'acquisition publique de terres agricoles de zones humides doit rester l'exception, car in fine se pose le problème de leur gestion. Une gestion privée, et un régime de police accepté et compatible avec la poursuite de l'activité agricole présentent un maximum de garantie de maintien des caractéristiques du territoire sans mobiliser des fonds publics. Les SAFER peuvent également contribuer à coût minimal, grâce à leurs prérogatives spécifiques, à un aménagement conciliant protection et valorisation de l'environnement avec l'activité agricole. En matière de fiscalité, la mission souligne tout l'intérêt qu'il y aurait à égaliser le statut fiscal du patrimoine naturel avec celui du patrimoine culturel, mesure qui bénéficierait, entre autres, aux zones humides situées en " Natura 2000 " dont l'état de conservation reste encore souvent problématique.

Plus généralement, la mission suggère de mieux mobiliser les acteurs de territoires autour de la préservation et la gestion des zones humides, en s'appuyant en priorité sur des dispositifs de gouvernances existants (parcs régionaux, groupes d'action local...), en mobilisant quelques moyens pour financer l'animation. Une bonne structuration territoriale est aussi le plus souvent à l'origine des démarches collectives structurées qui permettent une valorisation de la typicité des produits, dont la mission a identifié plusieurs exemples. La mission propose de recourir à un nouvel outil des gestion de projet de territoire, qui pourra être porté le cas échéant par des organismes existant pour répondre aux besoins d'articulation entre une problématique environnementale, la nécessité d'une bonne gestion et d'une animation efficace et un programme d'aides. Elle recommande également qu'une mission spécifique soit chargée de formuler des propositions pour pallier les difficultés de fonctionnement des Associations syndicales d'hydraulique agricoles.