En tant que responsable des enregistrements EMAS et moteur pour la transition écologique de tous les secteurs d'activités, le ministère a noué un partenariat avec le Comité pour le développement durable en santé (C2DS) pour accompagner le secteur de la santé dans la mise en oeuvre du système EMAS. 

Les établissements de santé ont une empreinte environnementale importante, un poids économique majeur, et un très fort potentiel éducationnel en direction du million de femmes et d'hommes qui y travaillent et des vingt millions de patients qu'ils accueillent. Parmi les moyens existants pour rendre l'hôpital plus vert, le système de management environnemental et d'audit, EMAS, s'illustre par son efficacité et la garantie d'un management vertueux et pérenne.

Ce partenariat se concrétise également par la publication d'un guide méthodologiquediffusé gratuitement avec l'objectif d'accompagner les établissements de santé au cours des démarches de l'enregistrement EMAS.

Ce guide fournit des conseils clairs et simples aux organisations ainsi que des instructions étape par étape, faciles à suivre. Une deuxième partie de cette publication donne la parole aux douze établissements de santé appuyés par le département d'expertise du C2DS dans leur enregistrement EMAS. Ils expriment leurs motivations, relatent leur réussite, mais également les difficultés rencontrées et les solutions trouvées.
À l'automne 2013, trois établissements hospitaliers sont déjà enregistrés EMAS, à Toulouse, Marseille et Perpignan. Deux établissements supplémentaires sont par ailleurs en cours d'enregistrement.

La mise à disposition de ce guide permettra plus généralement de sensibiliser plusieurs milliers d'établissements et services du secteur de la santé sur leurs responsabilités environnementales. Il vise enfin à accroître le nombre d'établissements adoptant le système EMAS.