Pour mesurer le niveau de la contamination chimique dans la bande côtière méditerranéenne, le projet Mytilos a employé un outil singulier : les moules. La méthode a été mise au point dans le cadre du réseau Rinbio (Réseau INtégrateurs BIOlogiques), créé en 1996 en collaboration avec l'Agence de l'Eau Rhône Méditerranée et Corse. Les moules sont en effet d'excellents bio-accumulateurs : elles peuvent filtrer des particules extrêmement petites, jusqu'à 1µm2. En concentrant les différentes substances présentes dans l'environnement marin, elles constituent donc d'excellents outils de mesures de la contamination chimique.
Dans le cadre de Mytilos, trois campagnes océanographiques, coordonnées par l'Ifremer, ont été réalisées en 2004, 2005 et 2006 grâce au soutien actif de chaque partenaire. Elles ont permis la pose de 148 stations artificielles, réparties de façon homogène entre les différents pays, avec un taux de récupération de plus de 82,5%.