Avec la sauvegarde de la vie humaine, le développement des activités économiques avec la co-existence d'usagers très divers, des navires de commerce aux plaisanciers en passant par les pêcheurs, et bien sûr la protection de la bio-diversité de l'environnement marin, le développement durable représente la cadre quotidien et naturel d'action de la préfecture maritime. La mobilisation interministérielle, internationale et publique-privée de tous les acteurs et moyens coordonnés par la préfecture maritime conditionne la réussite de ces actions, comme l'a illustré l'exercice majeur anti-pollution POLLUX qui a vu en particulier l'activation des plans internationaux LION et RAMOGE, 30 ans après la création de ce dernier.

A Toulon, la procédure de contrat de Baie participe au rassemblement des énergies ainsi qu'à l'inventaire des forces et des faiblesses de la rade, qui, avec la co-existence d'usagers aussi multiples que la Marine nationale, la pêche, le commerce (dont l'autoroute de la mer) et la plaisance, représente un véritable enjeu de développement durable. Le dépôt de carburant du commissariat de la Marine du Lazaret (Saint-Mandrier) a obtenir en février 2007 sa certification ISO 14001 (environnement). La mer représente un enjeu majeur de l'aménagement du littoral dans ce que l'on nomme la gestion intégrée des zones côtières (GIZC).