La Cour des comptes européenne estime que les Etats membres ont une gestion insuffisante du réseau Natura 2000. Elle déplore également un mauvais recours aux fonds de l'UE pour le financer et un suivi inapproprié des sites. Dans une stratégie lancée en 2011, l'Union européenne s'est fixée comme objectif une meilleure application des textes qui encadrent le réseau Natura 2000 pour enrayer la disparition des espèces.

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