Trois associations de protection des animaux, la Ligue pour la protection des oiseaux sauvages, l'Association pour la protection des animaux sauvages et le Rassemblement des opposants à la chasse, ont demandé au Conseil d'État d'annuler le décret français relatif aux dates de la chasse aux oiseaux d'eau et au gibier de passage. Ce décret détermine les modalités et les conditions selon lesquelles les autorités françaises, à différents niveaux, peuvent autoriser ce type de chasse. Selon la Ligue, les règles de la directive communautaire sur la protection des oiseaux ne peuvent pas être interprétées en ce sens qu'elles incluent la chasse au cours de la période bénéficiant d'une protection spécifique (nidification, reproduction, dépendance, etc..). Cette chasse ne saurait en aucun cas constituer une "exploitation judicieuse", telle qu'autorisée par la directive.

Selon l'Union des chasseurs, intervenante dans l'affaire principale, la directive permet, dans une large mesure, des dérogations au régime général de protection instauré par celle-ci. Étant donné que la chasse aux oiseaux sauvages et aquatiques est soumise à un contrôle plus strict que celle des autres oiseaux, seule une dérogation serait susceptible de rendre possible la chasse de ces espèces

Ce différend a amené le Conseil d'État à poser à la Cour de justice des Communautés européennes deux questions préjudicielles sur l'interprétation de la directive, en vue de savoir, d'une part, si la directive permet de déroger aux dates d'ouverture et de fermeture de la chasse, fixées compte tenu des objectifs de protection des oiseaux poursuivis par la directive et, d'autre part, en cas de réponse affirmative à cette question, quels sont les critères qui permettent de faire usage de cette dérogation.

En réponse à la première question, la Cour déclare que la chasse aux oiseaux sauvages, pratiquée à des fins de loisir durant des périodes bénéficiant d'une protection particulière, peut correspondre à une "exploitation judicieuse" autorisée par la directive.

En ce qui concerne la seconde question, la Cour rappelle qu'une telle chasse ne peut être autorisée que si certaines conditions sont remplies, notamment s'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante, si la chasse se déroule dans des conditions strictement contrôlées et de manière sélective et si elle ne porte que sur certains oiseaux en petites quantités.

La condition tirée de ce qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante ferait défaut, notamment, si la mesure autorisant la chasse à titre dérogatoire avait pour seul objet de prolonger les périodes de chasse de certaines espèces d'oiseaux sur des territoires qu'elles fréquentent déjà pendant les périodes de chasse autorisées par la directive communautaire.

En outre, la chasse autorisée à titre dérogatoire doit garantir le maintien de la population des espèces concernées à un niveau satisfaisant.