Au Mali, la désertification se manifeste par un ensablement généralisé qui affecte les habitations, les terres agricoles, les voies de communication routières et fluviales.

Le Mali est un pays enclavé situé à plus de 1000 km de la mer. Il est cependant sillonné par de grands fleuves tels le Sénégal et le Niger. Le bassin du Niger couvre plus de 572 000 km2 et son potentiel agricole est évalué à près de 2,5 millions d’hectares. La vallée du Niger offre également d'importantes ressources pour l'hydroélectricité et la navigation.

En tant que deuxième zone humide de l'Afrique, la vallée du fleuve Niger constituait jadis une grande zone de production. La vallée du fleuve est ainsi devenue un lieu important de concentration humaine et des activités économiques. Dans les régions du nord, elle reste la seule zone de repli pour les populations et les troupeaux en saison sèche et pendant les sécheresses.

La conjugaison de facteurs anthropiques et naturels menace actuellement sérieusement la survie du fleuve Niger. L'avancée des formations dunaires a entraîné la diminution des lits majeurs et mineurs et des chenaux d'alimentation des lacs. Selon Alassane Boncana Maïga, conseiller technique au ministère de l'Environnement et de l'Assainissement, le Niger se remet difficilement de cette baisse de l'écoulement. Selon une étude réalisée à la demande du Programme environnemental d'appui à la lutte contre la désertification (PEALCD, la désertification se manifeste de manière permanente dans la boucle du Niger et est caractérisée par un ensablement généralisé qui affecte les habitations, les terres agricoles, les voies de communication routières et fluviales, ainsi que les cours et points d'eau.

« L'ensablement résulte de la convergence de phénomènes locaux (d’origines climatique et anthropique) dans la boucle du Niger et de l'existence de flux sédimentaires à l'échelle continentale qui sont liés aux grands courants éoliens (mousson et harmattan) et par libération et mobilisation du sable dont le tracé est fonction de la topographie. »