Créé en 2009 à l'initiative de l'Agence universitaire de la Francophonie et l'Association des universités du Commonwealth (ACU), avec l'appui du Ministère de l'enseignement supérieur du Cameroun et sous l'égide de l'UNESCO, l'IPAGU se donne comme objectif d'améliorer l'ensemble des pratiques qui concourent au bon fonctionnement de l'enseignement supérieur en Afrique. Cet institut régional à vocation internationale, généreusement accueilli par les autorités camerounaises, est basé au coeur de l'Université de Yaoundé II à Soa au Cameroun.

A l'ouverture, le Ministre Fame Ndongo a lancé un appel à toutes les autorités politiques et universitaires africaines à se servir de ce bel outil qu'est l'Institut et a souligné " le caractère visionnaire " qui a présidé à sa création. " L'IPAGU a pour but d'apprendre à savoir manager ".