Les consommateurs européens sont de plus en plus sensibles à la qualité de leur alimentation. Ils recherchent des produits à la fois sains, naturels et certifiés : la cote des labels « agriculture biologique » ou « appellation d’origine contrôlée » ne cesse de grimper !

La réglementation européenne dans ce domaine s’est d’ailleurs renforcée. Elle impose aux industries alimentaires d’assurer la traçabilité et la sûreté des aliments. Mais pour répondre à ces réglementations, les professionnels de la chaîne alimentaire manquent de moyens fiables de contrôle, et la traçabilité se fonde principalement sur des données administratives. C’est pourquoi il est indispensable de développer des outils d’analyse des produits, qui permettent d’identifier leur origine et leur mode de production.

Les chercheurs du Cirad ont émis l’hypothèse que les traitements chimiques, en particulier fongicides, appliqués en agriculture conventionnelle modifiaient la flore microbienne des produits. En analysant cette flore, il serait donc possible d’identifier leur mode de production.

Une analyse moléculaire globale des micro-organismes

Pour tester cette hypothèse, les chercheurs ont comparé la diversité de la flore microbienne de fruits issus de l’agriculture biologique à celle de fruits produits en agriculture conventionnelle. Ils ont réalisé, pour ce faire, une analyse moléculaire globale de l’ADN des communautés microbiennes selon la méthode PCR-DGGE, une réaction en chaîne par polymérase combinée à l’électrophorèse en gradient de gel dénaturant.

Cette méthode permet d’établir rapidement le profil bactérien et fongique d’échantillons d’aliments.

Vers la création d’un outil fiable, rapide et peu coûteux

Les essais effectués sur des nectarines, des pêches, des pommes et des bananes sont tout à fait concluants. Ils démontrent qu’il est possible de distinguer les fruits selon leur mode de production en comparant statistiquement leurs profils microbiens.

Les chercheurs ont aussi vérifié la fiabilité de cette méthode en comparant les résultats obtenus sur deux années de récolte successives pour les échantillons de pommes et de bananes. Ils ont également étudié l’effet de la position des fruits dans la parcelle et observé que les fruits peuvent être distingués en fonction de leur mode de production indépendamment de cette position. Les différences observées dans la microflore des fruits sont donc suffisamment importantes pour conclure qu’elles proviennent exclusivement des traitements appliqués au champ.

Ces travaux devraient déboucher sur la création d’un outil d’analyse à la fois fiable, rapide et peu coûteux, qui permette de répondre aux attentes des professionnels de la chaîne alimentaire quant à la traçabilité et à la sûreté des produits.

Communiqué du CIRAD
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