La Commission européenne a annoncé avoir abandonné, le 14 avril 2009 deux procédures d'infraction relatives au réseau Natura 2000.

La première avait été lancée contre la Pologne 2007. Les autorités polonaises avaient émis le projet de construire un tronçon de 40 kms d'autoroutes dans la vallée de Rospuda, réserve naturelle d'oiseaux et site protégé (cf. liste des sites protégés ci-joint). Finalement, le tracé sera dévié pour éviter les sites Natura 2000.

La seconde concernait l'Italie et le projet ''Mo.S.E.'' de digues mobiles dans la lagune de Venise. Après l'engagement des autorités italiennes de limiter leur impact sur l'environnement, la commission a renoncé à la procédure devant la Cour de justice des communautés européennes.

Ces procédures de sanction se fondent sur le non respect des obligations des Eats membres découlant de la directive 92/43/CEE du Conseil, du 21 mai 1992, concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages, modifiée par la directive 97/62/CE du 29 novembre 1997 et le règlement 1882/2003 du 20 novembre 2003

Cette directive, dénommée directive " Habitats ", vise à contribuer au maintien de la biodiversité dans les États membres en définissant un cadre commun pour la conservation des plantes et des animaux sauvages et des habitats d'intérêt communautaire. Elle met en place un réseau écologique européen dénommé "Natura 2000", composé de "zones spéciales de conservation" désignées par les États membres conformément aux dispositions de la directive, ainsi que de zones de protection spéciale instaurées en vertu de la directive concernant la conservation des oiseaux sauvages.

Dans les zones spéciales de conservation, les États membres prennent toutes les mesures nécessaires pour garantir la conservation des habitats et pour éviter leur détérioration ; pour encourager la gestion des éléments du paysage qu'ils considèrent essentiels à la migration, à la distribution et à l'échange génétique des espèces sauvages; pour instaurer des systèmes de protection particulièrement stricts pour certaines espèces animales et végétales menacées et d'étudier l'opportunité de réintroduire ces espèces sur leur territoire; pour interdire l'utilisation de moyens non sélectifs de prélèvement, de capture et de mise à mort pour certaines espèces végétales et animales.